Selçuk Kalesi’nin bulunduğu Ayasuluk Tepesi’nin güney eteğindeki bu kilise çoğu kez kaleyle karıştırılır. Efes çevresindeki Bizans dönemi yapılarının en görkemlisi olan Saint-Jean Kilisesi’ne, Takip Kapısı adlı anıtsal kapıdan girdiğinizde bu yanılgıdan hemen sıyrılır, kendinizi tarih esintileri içinde bulursunuz.
M.S. II. yüzyıla ait bir hristiyan efsanesine göre Hz.İsa’nın 12 havarisindan biri olan Saint-Jean, ölümünden sonra Ayasuluk Tepesi’ne gömülür. Mezarı üzerine 4. yüzyılda ahşap çatılı bir kilise inşa edilir. Bizans İmparatoru Justinien döneminde (527-565) ilk kilisenin yerine eşi görülmemiş bir yenisinin yapılması için harekete geçilir. Tamamlanan yapının ihtişamı karşısında Efesliler’in nutku tutulmuştur.
Haç planlı yapıya batıda geniş bir avludan girilmekteydi. Doğu-batı ekseninde uzanan yaklaşık 130 m. uzunluğundaki yapının ana mekânı 6 büyük kubbeyle kaplıydı. İki kat üzerine inşa edilen bu görkemli kilisenin sütun başlıklarında İmparator Justinien ve karısı İmparatoriçe Theodora’nın monogramları bugün halâ görülebilmektedir. Saint-Jean’ın mezarı ana kubbe altında yer alıyordu. Ortaçağ boyunca Azizin mezarından kalkan tozların şifa özelliğine inanan hristiyanlar burayı bir hac mekânına dönüştürmüşlerdi.

Fener Rum Patriği Bartolomeos 26 Eylül 2004'te Saint-Jean Kilise'sini ziyaret etti.