Efes kentinden gelip geçen uygarlıkların bıraktığı anıtsal eserlerin sonuncusudur. Bu büyük cami, Ayasuluk kalesi ile St. Jean Kilisesi’nin bulunduğu tepenin batı yamaçlarında inşa edilmiştir. İsabey Camii’nin daha önceki devirlerde büyük halk topluluklarını çeken diğer Hıristiyan ve putperest tapınaklarının arasında inşa edilmiş olması ilginçtir. Caminin inşasında kullanılan birçok mimari parça ve özellikle sütunlar Efes harabelerinden getirilmiştir.
Cami, 1375 yılında İsa Bey tarafından Şamlı mimar Ali'ye inşa ettirilmiştir. Topografik durum nedeniyle kuzey ve doğu cepheleri, tepenin eteklerine oturtulmuş olan, 51 x 57 metre boyutlarındaki cami Beylikler dönemi ile Osmanlı Mimarisi arasında geçiş aşamasının en tipik örneklerindendir. Sunaklı bir avlusu bulunan caminin mermer levhalarla kaplı batı cephesi, zengin bir dekorasyona sahiptir.Caminin mütevazi fakat heybetli görünüşü ön cephesindeki çifte merdiven ve anıtsal taç kapıyla vurgulanmıştır. Camii,Türk Mimarisi'nde ilk defa ikinci cemaat yerine sahip olmasıyla ayrı bir önem taşır.

Batıya açılan ve mukarnaslarla süslü olan anıtsal kapıda dikkat çeken ithaf kitabesinde şu ifadeler yer almaktadır:
"Rahman ve Rahim olan Allah'ın adıyla bu mübarek caminin inşa edilmesini büyük sultan, Millet fertlerinin maliki, İslamın ve Müslümanların sultanı, Devletin, dinin ve dünyanın medarı iftiharı Aydınoğlu Mehmet oğlu İsa emretti. Tanrı mülkününü ebedi kılsın. Ali İbni Dımışki yaptı ve bunu Şevval ayının 9'unda ve 776 senesinde yazdı."
Görkemli kapıdan girilen avlu, üç taraftan revaklarla çevrili olup ortasında bir şadırvan vardır. Buraya açılan iki kapı daha mevcuttur. Revakların ahşap bir çatıyla örtülü olduğu tahmin edilmektedir. Caminin doğu ve batı kısımlarına rastlayan giriş kapıları yanında tuğladan yapılmış iki minare vardır. Bunlardan batı tarafındaki halen kısmen ayaktadır ve tuğlaları firuze renginde sırla kaplıdır. Doğudaki duvar ise tamamen yıkılmış bulunmaktadır.
Avludan esas cami kısmına üç kemerli bir kapıyla geçilir. Bu kısmın dört granit sütun üzerine oturtulmuş iki kubbesi vardır. Mihrap üzerindeki kubbenin pandantifleri çini levhalarla süslenmiştir. Dört sütun başlığından üç tanesi stalaktitli Türk stilinde, bir tanesi ise Roma devrinden kalma, kompozit stildedir. Kemerlerin sütunlara oturduğu yerde yastıklar üzerinde ayetler yer almaktadır. Mihrap, büyük olasılıkla mermer plakalarla dekoratif bir şekilde
süslenmişti. Ancak caminin Kervansaray olarak kullanıldığı devirlerde buradan bir kapı açılarak bu kısmın güzelliği bozulmuş ve mermerleri alınmıştır.
Binanın en itinalı korunan batı cephesi özellikle Konya'daki Selçuk eserleri örnek alınarak inşa edilmiştir ve asimetrik bir görünüşe sahiptir. Kapının üstündeki aplike mermer plakalar yer sarsıntılarından düşmüş olmalıdır. Yere düşmüş parçalardan anlaşıldığı üzere, kapının üst köşelerinde stilize edilmiş zambak şeklinde akroterler bulunmaktaydı. Sol taraftaki pencerelerin üstleri stalaktit diziler ve hadisler ile dekore edilmiştir. Sağ taraftakiler ise birbirlerinden farklı şekil ve tarzlarda süslenmiş, alt sıra pencerelerinde renkli anahtar taşları kullanılmıştır.