Die Johannesbasilika, eine riesige Kirche, die im Inneren ganz mit Marmor verkleidet ist, ließ Kaiser Justinian errichten, der von 527 bis 565 n. Chr. regierte. Sie liegt direkt neben der seldschukischen Zitadelle auf einem ehemals abfallenden Areal, das wegen des Vorhofs künstlich begradigt werden musste. Noch vor dem Bau der Kirche stand hier ein Baptisterium mit einem runden Taufbecken, das einen Marmorboden und eine Kuppel mit Verzierungen aus Glasmosaiken besaß. Das mutmaßliche Grab des heiligen Johannes findet man am östlichen Ende der Basilika. Die Grabplatte liegt tiefer als der Fußboden; sie ist von restaurierten Marmormosaiken geschmückt und trug früher ebenfalls eine kleine Kuppel. Lange war diese Kirche eine Pilgerstätte für Kranke, die glaubten, der Staub aus der Grabkammer würde heilende Wunder bewirken.
Der Legende nach soll der Apostel Johannes hier gelebt haben und hier auch gestorben und begraben worden sein. Zuerst stand auf diesem Hügel ein Denkmal, dann wurde im vierten Jahrhundert eine kleine Kirche mit einem Holzdach darauf gebaut, das das Denkmal einschloss. Ein Jahrhundert später ließ Kaiser Justinian (527-565) eine Basilika darauf errichten. Die Kirche konnte man von Westen, vom Atrium her betreten, das weiter ins Narthex und ins Kirchenschiff führte. Über dieser Kirche sind sechs kuppelförmige Dächer angebracht. Das Grab des Johannes soll unter dem mittleren gelegen haben. Der Staub aus Johannes Grab soll heilende Wirkung gehabt haben, weswegen neben Pilgern auch Kranke dorthin kamen. Auf der Ostseite der zentralen Halle und davon abgetrennt ist ein Synthronon in Form einer halben Ellipse. Ein Baptisterium wurde ebenfalls gefunden, überdacht von einem Kuppeldach. Fresken, die die Heiligen darstellen, stammen aus dem 10. Jahrhundert. Zur Zeit wird die Basilika wieder aufgebaut.
Nach Ansicht vieler Theologen unterscheidet sich die Auffassung Paulus' vom Christentum (völlige Loslösung von den jüdischen Wurzeln) deutlich von der des Johannes. Paulus von Tarsus war römischer Bürger und benjaminitischer Jude, der Jesus nie kennenlernte. Bis zu der Vision auf der Straße nach Damaskus (Apostelgeschichte 9, 1-9) verfolgte er selbst Christen. Einige Forscher nehmen an, dass Johannes und Maria aus Jerusalem flohen, um der Verfolgung zu entgehen. Falls, wie Professor Brownlee behauptet, der heilige Johannes tatsächlich Lazarus von Bethanien gewesen sein sollte, dann war die Flucht auch dringend geboten, denn im Johannesevangelium (12,9-11) wird erzählt, dass dieHohenpriester Lazarus töten wollten. In Ephesos herrschte Religionsfreiheit, und die christliche Gemeinde wurde immer größer, so dass es eine sichere Zufluchtsstätte für Verfolgte gewesen wäre. Sowohl Maria als auch der Apostel Johannes sollen hier bis zu ihrem Tode gelebt haben. Paulus' berühmter Streit mit den Ephesern wegen ihrer Treue zu Artemis und ihren pantheistischen Glaubensvorstellungen ist einer von zahlreichen die Konflikten, die schließlich mit seiner Gefangennahme bei Rom im Jahre 64 n.Chr. endeten. Um diese Zeit wurde Johannes das Oberhaupt der Kirche von von Ephesos. Vermutlich liegt er unter der Kirche begraben, die heute seinen Namen trägt. Im 4. Jh., als die Basilika errichtet wurde, war der Glanz des römischen Ephesos dahin. Der Hafen war verlandet. Ein großer Teil des Marmors, der für den Turm und die Mauern um die Johannesbasilika in Selcuk (um 550 n. Chr. vollendet) verwendet wurde, stammt aus dem Stadion, wo einst Christen gequält wurden.
