En 1929, M.Aziz Oğan, l’Inspecteur Général des Monuments et des Musées et M.Kazım Dirik, le Gouverneur d’Izmir établirent un petit musée dans la ville de Selcuk. Avec l’augmentation du nombre de trouvailles et de touristes la nécessité d’un plus grand musée se fait sentir. Ainsi un nouveau musée fut ouvert en 1964. Le musée actuel fut inauguré le 30 Juillet 1976.
La plupart des objets exposés dans ce musée sont en provenance des fouilles d’Ephèse. En outre, il y a une riche collection d’objets trouvés dans l’Eglise de St. Jean, la Grotte des Sept Dormants, le Temple d’Artémis et le Mausolée de Belevi. Les œuvres sont exposées selon les endroits où elles furent trouvées et non dans l'ordre chronologique comme dans la plupart des musées.
Dans la première salle, sont exposés des objets trouvés dans les maisons de la pente. Une statue en bronze d’Eros cheuvauchant un dauphin, des têtes d’Eros et de Socrate en marbre, une statue de Bès (dieu de la fécondité) et quelques fresques murales sont les objets les plus remarquables de cette salle. La deuxième salle abrite les statues provenant des fontaines monumentales dont celles qui sont dédiées à Trajan et à Pollio. La troisième salle est destinée à l’exposition des œuvres byzantines. Dans une cour intérieure qui précède la quatrième salle, sont rassemblés les fragments de l’Artémision et du Mausolée de Belevi. Ensuite on passe dans la section où on voit des trouvailles funéraires telles que des stèles et des urnes. Les deux belles statues d’Artémis aux multiples seins ainsi que les objets cultuels utilisés dans la vénération de cette déesse sont exposés dans la cinquième salle. Dans la dernière salle, sont rassemblées les statues des empereurs romains ainsi que les blocs provenant du Temple d’Hadrien et portant des frises qui ont trait à la fondation légendaire d’Ephèse.